Trường THCS DTNT huyện Long Phú  được xây dựng vào năm 2002 .Sau gần 2 năm  khởi công xây dựng, đầu tháng 9/2004 một nhà hai tầng với 8 lớp học và 1 khu hiệu bộ  đã được hoàn thành. Ngày 5/9/2004 thầy và trò nhà trường tưng bừng, phấn khởi tổ chức lễ khai giảng năm học mới. Mặc dù đã có trường lớp, nhưng buổi ban đầu vẫn bộn bề khó khăn, thiếu thốn. Như một gia đình nhỏ mới ra ở riêng, mọi thứ đều phải lo toan, cơ sở vật chất của nhà trường ban đầu rất thiếu thốn. Năm học 2004 – 2005, nhà trường được giao chỉ tiêu 60 học sinh với 2 lớp, nhưng cả trường  chỉ có 8 phòng học nổi bật giữa khu đất trống, vừa làm phòng học, phòng ở nội trú ,phòng thiết bị .